Le musée national de Kyoto a pour vocation d'abriter, d'exposer, de conserver et de rechercher des trésors artistiques qui sont la propriété privée des temples, des sanctuaires et de la maison impériale. La collection comprend plus de 12 000 pièces, divisées en trois grandes catégories : les beaux-arts (les sculptures, les peintures, la calligraphie) ; les métiers de l'artisanat (la céramique, le textile, la laque, le métal) et l'archéologie (les pièces d'archéologie et d'intérêt historique). Il offre une excellente vue d'ensemble des différents modes d'expression artistique qui ont fleuri au cours des diverses époques de Kyoto (ouvrant la voie au reste du Japon).

Le musée se focalise principalement sur les œuvres pré-modernes japonaises et possède la plus grande collection que l'on puisse trouver d'objets fabriqués sous l'ère Heian (794-1179) ainsi qu'une collection particulière de soutras chinois et japonais rares et anciens. Plusieurs fois par an, une exposition spéciale donne accès à la collection des objets rares hébergés dans le bâtiment d'origine en briques.